از كشتن او امتناع كرد و بدان راضى شد كه او را براى خشنودى سپاهيان از امور دولت بر كنار دارد . شيخ چهل روز در خانهء يكى از دوستانش پنهان مىزيست . امير بار ديگر او را طلب داشت و به وزارت خويش معين كرد . چون شمس الدوله از دنيا رفت و با پسرش بيعت شد از او خواستند كه شيخ الرئيس را وزارت خويش دهد . شيخ نپذيرفت و در خانهء ابو غالب عطار پنهان شد و در آنجا همه طبيعيات و الهيّات شفا جز كتاب حيوان و نبات از آن را نوشت . به علاء الدوله در نهان نامه نوشت كه نزد او رود . تاج الملك او را به مكاتبه با ملوك ديگر متهم كرد و به طلب او به جدّ در ايستاد . بعضى از مخالفانش نهانگاهش را نشان دادند . از سوى حكومت بيامدند و او را بگرفتند و در دژى به نام بردجان زندانى كردند . شيخ الرئيس در آن محبس قصيده‌اى بسرود كه در آن گفته است : دخولى باليقين كما تراه * و كل الشكّ فى امر الخروج « چنان كه مىبينى داخل شدنم قطعى شده و همه ترديد در بيرون آمدن است . » چهار ماه در آن زندان بماند . سپس او را از زندان بيرون آوردند و به همدان فرستادند . شيخ به گونه‌اى ناشناخته از آنجا بيرون آمد و همراه من و برادر و غلام خود در زىّ صوفيه برفتيم تا به اصفهان رسيديم . چون به مجلس علاء الدوله [ كاكويه ] درآمد علاء الدوله از اعزاز و اكرام او هيچ فرونگذاشت . در آنجا كتب بسيار تأليف كرد . ابو عبيدهء جوزجانى گويد : همهء قواى شيخ در حد نيرومندى بودند . اما قوهء مجامعت او در ميان ديگر غرايزش از همهء نيرومندتر بود و چيره‌تر . چنان كه بسيار بدان عمل مىپرداخت ، تا در مزاج او تأثير نهاد . سبب مرگ او بيمارى قولنج بود كه او را عارض شد . او مىكوشيد هر چه سريعتر خود را معالجه كند و در هر روز هشت بار حقنه مىكرد . اين امر سبب مجروح شدن روده‌هاى او گرديد و بيمارى صرع كه گاه از پس قولنج مىآمد در او آشكار شد و چنان ناتوان شد كه ايستادن نمىتوانست . شيخ بار ديگر به معالجهء خويش پرداخت آن قدر كه توانست بر پاى ايستد و راه رود ولى پرهيز نمىكرد و انواع معالجات درهم مىآميخت . البته بيمارىاش بكلّى بهبود نيافت . گاه بيمارى باز مىگشت و گاه بهبود مىيافت . علاء الدوله به هنگام بيمارى او عازم همدان شد . شيخ الرئيس نيز با او همراه شد .